Koruma gruplarının işlevi, sentez işlemi sırasında belirli fonksiyonel grupları izole etmek, onları girişimden korumak ve hedef molekülün aktivitesini yeniden sağlamak için yalnızca belirli reaksiyonları tamamladıktan sonra koruma gruplarını uzaklaştırmaktır. Koruyucu grupların uzaklaştırılması işlemi genellikle hedef moleküle zarar vermemek için ılımlı koşullar gerektirir. Örneğin, ROH'yi korumalı alkollerden çıkarmanın yöntemi genellikle eterler (ROR') veya esterler (ROCOR') üretmek ve daha sonra bunları uygun koşullar altında hidrolize etmek veya asitleştirmektir.
Özetle, PNA sentezinde koruma gruplarının rolü çok önemlidir; çünkü karmaşık moleküllerin verimli sentezini sağlar, hedef dışı reaksiyonları önler ve saflaştırılmış PNA ürünleri elde etmek için gerektiğinde seçici olarak uzaklaştırılabilir.