Çözücülerin peptidlerin çözünürlüğü üzerindeki etkisi
Peptitlerin çözünürlüğü amino asit bileşimlerinden etkilenir. Lösin (Leu), izolösin (Ile) ve valin (Val) gibi hidrofobik amino asitler peptidleri hidrofobik yaparken, lizin (Lys), histidin (His), arginin (Arg) gibi hidrofilik amino asitler peptidleri hidrofilik yapar. Bu nedenle farklı peptitler, bileşim farklılıklarından dolayı farklı çözünürlüklere sahiptir.
Çözücülerin peptid stabilitesi üzerindeki etkisi
Deamidasyon reaksiyonu
Deamidasyon reaksiyonunda asparajin (Asn) ve glutamin (Gln) kalıntılarının hidrolizi, aspartik asit (Asp) ve glutamik asit (Glu) oluşturur. Bu reaksiyonlar peptidlerin stabilitesini etkileyebilir.
Oksidasyon
Peptit çözeltileri, çözeltideki peroksit kontaminasyonundan veya peptidin kendisinin kendiliğinden oksidasyonundan kaynaklanabilecek oksidasyona eğilimlidir. Oksidasyon sadece peptitlerin yapısını etkilemekle kalmaz, aynı zamanda fonksiyon kaybına da yol açabilir.
Hidroliz
Peptitlerdeki peptit bağları, özellikle Asp tarafından oluşturulanlar kolaylıkla hidrolize edilir ve kırılır.
Disülfür bağı oluşumu hatası
Disülfid bağları arasındaki veya disülfid bağları ile tiyol grupları arasındaki değişim, yanlış disülfid bağlarının oluşmasına neden olabilir, bu da üçüncül yapıda değişikliklere ve aktivite kaybına yol açabilir.
Rasemik reaksiyon
Glisin (Gly) dışındaki tüm amino asit kalıntılarının alfa karbon atomları kiraldir ve alkalin kataliz altında rasemizasyon reaksiyonlarına eğilimlidir. Bunlar arasında aspartik asit (Asp) kalıntıları rasemizasyon reaksiyonlarına en yatkın olanlardır.
- eliminasyon
- eliminasyon, amino asit kalıntılarındaki karbon atomu üzerindeki fonksiyonel grupların ortadan kaldırılmasını ifade eder. Bu reaksiyonun alkalin pH'ta meydana gelme olasılığı daha yüksektir ve sıcaklık ve metal iyonlarının da bu üzerinde etkisi vardır.
Peptitleri çevre dostu solventlerde çözün
Peptitleri çözerken, çözünmeye yardımcı olmak için az miktarda N-metilpirolidon (DMF) veya dimetil sülfoksit (DMSO) kullanılabilir. Bu iki çözücü, peptidlerin ikincil yapısını bozarak çözünmeyi destekleyebilir. Bununla birlikte, bu solventlerin peptitlerin biyolojik aktivitesine ve daha sonraki araştırma çalışmalarına müdahale edebileceği dikkate alınmalıdır, dolayısıyla bunları kullanırken dikkatli olunmalıdır.
Çözüm
Özetle, DMF ve DMSO gibi çevre dostu solventler, peptitlerin ikincil yapılarını bozarak çözünmesine yardımcı olabilir ancak bunların kullanımı, peptitlerin yapısı ve biyolojik aktivitesi üzerinde etkiye sahip olabilir. Bu nedenle çevre dostu solventleri seçerken ve kullanırken, peptitlerin stabilitesini ve biyolojik aktivitesini sağlamak için bunların peptit yapısı ve çözünürlüğü üzerindeki etkilerini tartmak gerekir.