Peptit kütüphanesi sentezi için iki ana yöntem vardır: monomer yöntemi ve alt monomer yöntemi.
Monomer yöntemi
Monomer yöntemi, peptit kütüphanesi sentezi için geleneksel bir yaklaşımdır. Bu yöntemde öncelikle korunan tüm monomerlerin sentezlenmesi gerekir ve korunan her monomerin sentez süreci zahmetli ve zaman alıcıdır.
İkincil monomer yöntemi
İkincil monomer yöntemi, korumalı alfa amino gruplarına sahip monomerlere ihtiyaç duymaz. Bu yöntem iki adımdan oluşur: nükleofilik ikame ve ardından asilasyon. Alt monomer yöntemi, kombinatoryal kimya için büyük potansiyele sahip, ticari olarak temin edilebilen veya sentetik olarak temin edilebilen herhangi bir aminin kullanılmasına izin verir.