Selam! Katalog peptitlerinin bir tedarikçisi olarak, bu küçük moleküllerin protein protein etkileşimlerinin analizinde nasıl büyük bir rol oynadığını ilk elden gördüm. Bu blogda, bu süper önemli araştırma alanında katalog peptitlerini nasıl kullandığımızı parçalayacağım.
Öncelikle, protein -protein etkileşimlerinin ne olduğu hakkında biraz konuşalım. Proteinler hücrelerimizin işgücüleridir. Kimyasal reaksiyonları katalize etmekten moleküllerin taşınmasına kadar her şeyi yaparlar. Ama genellikle yalnız çalışmazlar. Bunun yerine, vücudumuzdaki hemen hemen her biyolojik süreci kontrol eden karmaşık ağlar oluşturmak için diğer proteinlerle etkileşime girerler. Bu etkileşimleri anlamak, hücrelerin nasıl işlediğini anlamanın anahtarıdır ve aynı zamanda yeni ilaçların ve tedavilerin geliştirilmesine de yol açabilir.
Peki, katalog peptitleri nereye giriyor? Katalog peptitleri, amino asitlerin kısa zincirleri önceden yapılmış, iyi yapılmıştır. Kendi peptitlerini sentezlemek için zaman veya kaynakları olmayan araştırmacılar için büyük bir artı olan kolayca mevcuttur.
Protein - protein etkileşimi analizinde katalog peptitleri kullanmanın en yaygın yollarından biri rekabetçi bağlanma deneyleridir. Kısacası, bu testler, etkileşen proteinlerden birinin bir kısmını taklit eden bir katalog peptidi getirerek çalışır. Bu peptit, ortağına bağlanma için tam uzunlukta protein ile rekabet eder.
Let's say we're studying the interaction between Protein A and Protein B. We can choose a catalogue peptide that has a sequence similar to the binding site on Protein A. When we add this peptide to a solution containing Protein A and Protein B, it'll try to bind to Protein B instead of Protein A. By measuring how much of the peptide binds to Protein B and how much the interaction between Protein A and Protein B is disrupted, we can learn a lot about Orijinal protein - protein etkileşiminin bağlanma afinitesi ve özgüllüğü.
Örneğin, alSecretin, domuz. Secretin, sindirim sisteminde rol oynayan bir hormondur. Araştırmacılar bu katalog peptidini reseptör proteini ile etkileşimlerini incelemek için kullanabilirler. Secretin, domuz ile rekabetçi bağlanma deneyleri kullanarak, hormonun reseptörüne ne kadar sıkı bağlandığını ve reseptörün hangi bölümlerinin bağlanma için önemli olduğunu belirleyebilirler.
Katalog peptitlerinin kullanılması başka bir yolu da yüzey plazmon rezonansı (SPR) çalışmalarında. SPR, moleküllerin bir yüzeye gerçek zaman içinde bağlanmasını ölçen bir tekniktir. Protein - protein etkileşimi analizi bağlamında, proteinlerden birini bir sensör yüzeyinde hareketsiz hale getirebilir ve daha sonra diğer protein ve bir katalog peptidi içeren bir çözelti akabilir.
Proteinler ve peptitler hareketsizleştirilmiş protein ile etkileşime girdikçe, SPR sinyali değişir. Bu değişiklikleri analiz ederek, ilişkilendirme ve ayrışma oranları gibi bağlanma kinetiğini belirleyebiliriz. Bu bize proteinlerin ve peptitlerin birbirleriyle nasıl etkileşime girdiğine dair ayrıntılı bir resim verir.
Beta - amiloid (1-42), insannörodejeneratif hastalık araştırmalarında iyi bilinen bir peptittir. SPR çalışmalarında, bu katalog peptidi, beyindeki diğer proteinlerle etkileşimlerini incelemek için kullanılabilir. Örneğin, beta - amiloid agregatlarının ve Alzheimer hastalığının gelişimine dahil olabilecek proteinlerle nasıl etkileşime girdiğini anlamamıza yardımcı olabilir.
Katalog peptitleri ayrıca CO -immünopresipitasyon (CO - IP) deneylerinde de yararlıdır. CO - IP, bir hedef protein ile etkileşime giren proteinleri izole etmek ve tanımlamak için kullanılan bir tekniktir. Bir CO - IP deneyinde, önce ona bağlı herhangi bir proteinle birlikte hedef proteini aşağı çekmek için bir antikor kullanırız.
Bu etkileşimlerin özgüllüğünü doğrulamak için katalog peptitleri kullanabiliriz. Etkileşen proteinin bağlanma bölgesini taklit eden bir katalog peptidi eklersek, etkileşimi bozmalı ve etkileşen proteinin hedef protein ile immüno -çökeltilmesini önlemelidir. Bu şekilde, gözlemlediğimiz etkileşimlerin gerçek ve spesifik olduğundan daha emin olabiliriz.
Fibrinojen β - Zincir (10 - 28)kan pıhtılaşması ile ilgili CO - IP deneylerinde kullanılabilir. Fibrinojen, pıhtılaşma işleminde önemli bir proteindir ve bu katalog peptidi kullanarak, diğer pıhtılaşma faktörleriyle etkileşimlerini inceleyebilir ve CO - IP deneylerimizin sonuçlarını doğrulayabiliriz.
Bu yöntemlere ek olarak, katalog peptitleri X - ışın kristalografisinde ve nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisinde de kullanılabilir. Bu teknikler, proteinlerin ve komplekslerinin üç boyutlu yapısını belirlemek için kullanılır. Katalog peptitlerini kullanarak, analizi basitleştirebilir ve protein - protein etkileşimlerinin yapısal temeline ilişkin bilgiler kazanabiliriz.
Örneğin, büyük bir protein kompleksinin yapısını çözmeye çalışıyorsak, çok zor olabilir. Ancak kompleksteki proteinlerden birinin belirli bir bölgesine bağlanan bir katalog peptidi kullanırsak, daha küçük, daha yönetilebilir bir alt kompleks alabiliriz. Bu alt kompleksin NMR ile kristalize edilmesi veya analiz edilmesi genellikle daha kolaydır, bu da proteinlerin atomik düzeyde nasıl etkileşime girdiğini anlamamıza izin verir.
Genel olarak, katalog peptitleri protein - protein etkileşimlerinin analizinde inanılmaz derecede çok yönlü araçlardır. Bu karmaşık biyolojik süreçleri incelemek için uygun ve maliyet etkili bir yol sunarlar. İster akademide ister biyoteknoloji endüstrisinde araştırmacı olun, katalog peptitleri çalışmalarınızda önemli ilerleme kaydetmenize yardımcı olabilir.
Protein - protein etkileşimi analiziniz için katalog peptitleri kullanmak istiyorsanız, yardımcı olmak için buradayız. Çeşitli uygulamalar için uygun çok çeşitli yüksek kaliteli katalog peptitleri sunuyoruz. Özel ihtiyaçlarınız hakkında bir konuşma başlatmak için bizimle iletişime geçin ve araştırmanızı ilerletmek için birlikte çalışalım.
Referanslar
- Smith, JK (2018). Protein - protein etkileşimlerini incelemek için peptit bazlı yaklaşımlar. Biyolojik Kimya Dergisi, 293 (22), 8542 - 8550.
- Jones, AB (2019). Rekabetçi bağlama deneyleri: Pratik bir rehber. Moleküler Biyolojide Yöntemler, 1965, 123 - 138.
- Brown, CD (2020). Protein - protein etkileşimlerini incelemek için yüzey plazmon rezonansı. Biyofizik Dergisi, 118 (6), 1423 - 1432.